8月26日，“2022全國(guó)農(nóng)業(yè)高新技術(shù)成果交易活動(dòng)”圓滿閉幕，在現(xiàn)代種業(yè)路演專場(chǎng)，影子基因首席科學(xué)家、華中農(nóng)業(yè)大學(xué)教授李新云進(jìn)行了專題分享。

可提供10K-400K任意規(guī)格的個(gè)性化芯片開(kāi)發(fā)，擁有全流程國(guó)產(chǎn)化的液相基因芯片技術(shù)平臺(tái)，擁有自主基因組選種選配平臺(tái)HiBLUP……會(huì)上，李新云介紹了影子基因這些“黑科技”。

01?功能位點(diǎn)基因芯片設(shè)計(jì)、制備、檢測(cè)

“基因芯片本質(zhì)上是為了獲取有育種價(jià)值的基因組信息。為了提高基因組中育種信息的挖掘效率，我們需要對(duì)芯片進(jìn)行不斷優(yōu)化?！崩钚略票硎?。

理想的基因芯片是芯片位點(diǎn)正好為所研究表型全部QTN位點(diǎn)的芯片，但在現(xiàn)實(shí)情況里，設(shè)計(jì)出這樣一款理想芯片是很難的。目前常規(guī)的分子標(biāo)記位點(diǎn)基因芯片，每個(gè)位點(diǎn)攜帶的有效育種信息量很少，影子基因則綜合利用了功能基因組研究最新成果，選取直接調(diào)控基因表達(dá)、蛋白質(zhì)活性的功能突變，設(shè)計(jì)了全新一代功能位點(diǎn)基因芯片，它每個(gè)位點(diǎn)攜帶的有效育種信息含量更高，能有效提高育種效率。

影子基因具備完整的基因芯片設(shè)計(jì)、制備、檢測(cè)的能力，能為客戶提供10K-400K任意規(guī)格的個(gè)性化芯片開(kāi)發(fā)服務(wù)。客戶案例-天鵬香芯

“天鵬香芯”是由中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)基因組研究所李奎教授團(tuán)隊(duì)設(shè)計(jì)，影子基因制備、測(cè)試的一款豬70K功能位點(diǎn)基因芯片，影子基因在進(jìn)行芯片制備時(shí)，對(duì)每個(gè)位點(diǎn)探針進(jìn)行了精心設(shè)計(jì)，采用了人工智能策略優(yōu)化了探針特異性，顯著提高了探針捕獲效率。測(cè)試結(jié)果表明：“天鵬香芯”位點(diǎn)分型準(zhǔn)確性和檢出率都超過(guò)了99%。

02?自主液相基因芯片技術(shù)

液相基因芯片技術(shù)是指對(duì)基因組中特定的遺傳變異進(jìn)行捕獲測(cè)序、高通量分型的技術(shù)。影子基因自主研發(fā)了基于CRISPR/Cas系統(tǒng)的液相基因芯片技術(shù)，能夠?qū)NP、CNV、InDel等多種遺傳變異進(jìn)行檢測(cè)，該方法捕獲效率比核酸雜交捕獲方法更高。其原理如下圖：

03 國(guó)內(nèi)自主基因組育種信息平臺(tái)HIBLUP

“現(xiàn)在動(dòng)物育種都是基于BLUP框架，在計(jì)算育種值的時(shí)候都需要依賴FSPAK算法專利（美國(guó)），而在基因組時(shí)代，F(xiàn)SPAK也面臨著大型基因組親緣關(guān)系矩陣求逆困難等問(wèn)題，難以快速處理基因組育種大數(shù)據(jù)?！闭劶艾F(xiàn)有工具存在的問(wèn)題，李新云教授這樣介紹道。

影子基因擁有自主的HiBLUP（天權(quán)）育種大數(shù)據(jù)計(jì)算平臺(tái)，該平臺(tái)采用全新的計(jì)算策略，徹底擺脫了對(duì)國(guó)外育種計(jì)算專利的依賴，并具有快速處理百萬(wàn)級(jí)群體、千萬(wàn)級(jí)標(biāo)記育種大數(shù)據(jù)的能力，功能涵蓋基因組選種和基因組選配所需的全部計(jì)算。

通過(guò)算法創(chuàng)新、并行計(jì)算、硬件加速等策略提升計(jì)算效率，HiBLUP在計(jì)算資源遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于國(guó)外同類軟件情況下，運(yùn)算速度可達(dá)到同類軟件的十倍以上，目前HIBLUP科研版已被全球56個(gè)國(guó)家和地區(qū)使用。

以技術(shù)立足，以專業(yè)立身。影子基因還將鉆研基因組育種領(lǐng)域，努力實(shí)現(xiàn)更多技術(shù)的國(guó)有自主化，歡迎各位老師同學(xué)垂詢相關(guān)業(yè)務(wù)。

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CORPORATION關(guān)于影子基因

武漢影子基因科技有限公司成立于2021年，與華中農(nóng)業(yè)大學(xué)戰(zhàn)略合作，技術(shù)實(shí)力雄厚，公司致力于基因組育種技術(shù)研發(fā)與推廣應(yīng)用。

影子基因Yingzi Gene，基因組育種技術(shù)的引領(lǐng)者，包括功能位點(diǎn)基因芯片設(shè)計(jì)、制備與檢測(cè)，基因組育種大數(shù)據(jù)分析，基因組育種軟件開(kāi)發(fā)、表觀遺傳研究與功能突變位點(diǎn)挖掘等服務(wù)。公司80%的員工擁有碩士及以上學(xué)歷，擁有T7高通量測(cè)序儀、核酸自動(dòng)提取工作站、高性能計(jì)算集群等平臺(tái)和設(shè)備。

公司官網(wǎng)：www.yingzigene.com